《明史》记载，洪承畴、孙传庭离去后，李自成“稍得安”。李自成获得喘息机会，借用河南大饥荒的机遇，以“迎闯王，不纳粮”相号召，在河南重新聚拢起庞大的队伍。这次，明朝没有机会了。
更可悲的是，入卫不久，孙传庭蒙冤，竟被投入监狱。
帝国无人可用，而名将在牢里。
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关于孙传庭入狱的原因，已很难清晰呈现，但离不开这几个基本因素：陕西权贵的诬告，朝廷高层的内斗，以及崇祯的刚愎自用。
孙传庭曾说：“臣以痴忠，取忌当路者甚众。”因为真心为国尽忠，他得罪了太多人，隐约有不祥的预感。
孙传庭为人直率，他对当时的国策和朝政很不满，所以一直在上疏请求面见崇祯。在奏疏中，他直言：“今日之事，臣不能，谁为能者？臣不任，谁肯任者？……独是向来悠悠忽玩，夸张诞妄，虚廿余年岁月，糜几万万金钱，而秋毫罔绩，遗忧君父者何人？”已经入阁的兵部尚书杨嗣昌看到这些语句，认为孙传庭是在批评自己，加上当时京城盛传孙传庭将要取代杨嗣昌，于是他扣下孙传庭的奏疏，阻止陛见。
受此刺激，加上常年征伐劳累，孙传庭突然发病，病情一度严重到让他不能正常办公。