这次廷杖主要的是张居正和冯保的意思。张、冯败后，朱翊钧年岁已大，廷臣被杖的更屡见不鲜，多的竟至打一百棍：
丙戍年卢礼部洪春，以修省疏忤旨得杖。至戊子，给事中李沂，以论厂珰张鲸得杖。壬辰春，则孟给事养浩，请建储杖一百。又数年庚子，而王给事德完请厚中宫，亦杖一百。(213)
朱由校时魏忠贤擅政，又一再用廷杖：
天启时，太监王体乾奉敕大审，重笞戚畹李承恩，以悦魏忠贤。于是万燝、吴裕中毙于杖下。(214)
万燝是屯田郎中，于天启四年六月疏劾魏忠贤，被打得最惨：
忠贤大怒，矫旨廷杖一百，斥为民。执政言官论救。皆不听。当是时，忠贤恶廷臣交章劾己，无所发忿，思借燝立威。乃命群奄至燝邸，捽而殴之。比至阙下，气息才属。杖已，绝而复苏。群奄更肆蹴踏，越四日即卒。时四年七月七日也。(215)
而樊良材《万忠贞公传》记当时小特务们凶横之状，简直和野兽一般：
彼一时也，缇骑甫出，群聚蜂拥，绕舍骤禽，饱恣拳棒，摘发捉肘，拖沓摧残，曳至午门，已无完肤。迨行杖时，逆珰引小竖辈奋袂而前，执金吾止之曰：“留人受杖。”逆珰瞋目监视，倒杖施威，施辣手而甘心焉。杖已，血肉淋漓，奄奄殆尽。