流动人口的社会保险关系的转移问题在人口密集地区比较突出。以养老保险为例，流动人口的不稳定性和流动性给保险关系的转移带来困难，虽然2009年国家出台了职工基本养老保险关系可在跨省就业时随同转移的政策，但是在实践中，各地区关于养老保险的做法、规定不同，造成保险转接、续存困难。我国现存的地方统筹的社会保障制度尽管基本框架按照国家要求基本统一，但是具体的设置和安排在地区间又存在差别。因此，当劳动力跨统筹区域流动时，社会保障制度的转接便出现问题，从而提高了相关社会保障制度产生的流动成本。
现行公共行政管理体制利用户籍制度将外来流动劳动力限制、排除在外。地方政府政策的根本原则是地方利益最大化，而在流动劳动力聚集地三大经济区域内，流动人口虽然促进了经济发展，但同时也增加了公共设施等公用品的压力和医疗、教育等需求，导致当地居民的福利水平下降，政府财政支出增加。流动人口迁入地政府实行就业保护、对外来人口的歧视性政策，限制、排斥了流动劳动力，对劳动力市场的一体化产生消极影响。
七、地区间劳动力市场管理不统一