对于那些供养在京城里的番僧、道士，朱祐樘也予以精简，该降级的降级，该回家的回家。官府里的冗员也要裁撤，传奉官被罢免两千多人，并对触犯刑律的官员一一论处。臃肿的官僚机构也需要瘦身，弘治皇帝用降级、罢免、勒令退休等方法，使整个行政队伍减少了许多冗员。面对财政危机，大臣们希望朱祐樘可以节俭，先帝喜欢造寺庙，那都是真金白银换来的，赶紧停了吧；梁芳这些人喜欢买珍宝，进献给皇帝、万贵妃，现在少买一点，杜绝肯定是不可能的；以前逢年过节，赏赐有功人员，朝廷出手往往阔绰，甚至滥赏滥封，得到好处的人是高兴了，国家的财政却越来越糟了，一些不必要的赏赐还是停了吧。
罢免不称职、不作为的官员后，弘治皇帝提拔了不少能人异士，让他们身居高位，辅佐自己振兴大明江山。如果论内阁大臣、六部尚书的质量，弘治朝的确要高于成化朝。重要的名臣有王恕、马文升、刘大夏、刘健、谢迁、李东阳、王鏊等。朱祐樘对刘健等几位大臣非常信任，称呼为“先生”。一开始，他们提的建议，皇帝还有些不能接受，后来基本上都能听取。每次召见，天子都要让左右退下。太监偶尔偷听，发现皇帝说得最多的是“善”字。