对于那些供养在京城里的番僧、道士,朱祐樘也予以精简,该降级的降级,该回家的回家。官府里的冗员也要裁撤,传奉官被罢免两千多人,并对触犯刑律的官员一一论处。臃肿的官僚机构也需要瘦身,弘治皇帝用降级、罢免、勒令退休等方法,使整个行政队伍减少了许多冗员。面对财政危机,大臣们希望朱祐樘可以节俭,先帝喜欢造寺庙,那都是真金白银换来的,赶紧停了吧;梁芳这些人喜欢买珍宝,进献给皇帝、万贵妃,现在少买一点,杜绝肯定是不可能的;以前逢年过节,赏赐有功人员,朝廷出手往往阔绰,甚至滥赏滥封,得到好处的人是高兴了,国家的财政却越来越糟了,一些不必要的赏赐还是停了吧。
罢免不称职、不作为的官员后,弘治皇帝提拔了不少能人异士,让他们身居高位,辅佐自己振兴大明江山。如果论内阁大臣、六部尚书的质量,弘治朝的确要高于成化朝。重要的名臣有王恕、马文升、刘大夏、刘健、谢迁、李东阳、王鏊等。朱祐樘对刘健等几位大臣非常信任,称呼为“先生”。一开始,他们提的建议,皇帝还有些不能接受,后来基本上都能听取。每次召见,天子都要让左右退下。太监偶尔偷听,发现皇帝说得最多的是“善”字。