李定国当众发怒道：“谁敢打我？”大西军的其他将领只好出来做和事佬，请李定国勉强受责，说：“不然，从此一决裂，则我辈必至各散，皆为人所乘也。”李定国为顾全大局，只好忍辱挨了孙可望五十杖。
之后，孙可望又假惺惺地抱着李定国哭，诡辩这是为了让大西军有统一号令，只好委屈二弟了。当李定国、刘文秀率军抗清之际，身居贵阳的孙可望又有了将永历帝取而代之的野心。
孙可望一手炮制了“十八先生狱”，将永历帝身边的十八名忠臣处死。永历朝廷彻底沦为附庸，名存实亡。情急之下，永历帝向李定国求助。
当初歼灭孔有德所部时，李定国曾对部下说：“曹操、司马懿有戡乱之才，身经百战，摧强敌，扶弱主，如果他们想要流芳百世，不过如探囊取物。可他们因一念之差，图谋篡位，实在是有如持黄金换死铁，落得后世唾骂，太不值得了。”永历帝知道，这是个忠臣。
1656年，从前线回师的李定国亲率军队到安龙谒见永历帝，君臣初次相见。
永历帝感动不已，对李定国说：“久知卿忠义，恨相见之晚。”之后，李定国请永历帝移驾云南昆明。
孙可望很生气，后果很严重，兄弟终于反目成仇。1657年，孙可望从贵阳发兵，合兵14万，进攻云南，要李定国、刘文秀交出永历帝。昆明城中，李定国、刘文秀只有抗清剩下的残兵，兵力不到三万。张献忠的养子们在曲靖（位于云南省东部）30里外的交水再度相逢。而这一次，他们已是对手。