且说陈奇瑜费了大半年功夫，将山西全境扫平，自己和手下将官也各个加官进爵，好不得意。却不料河南、湖北巡抚等地方大员却相继参劾他，告他以邻为壑，将贼众撵到河南等地。危害他境。原来罗汝才等逃出山西后，湖北河南四川等地被这些流寇弄得是苦不堪言。崇祯亦觉得陈奇瑜功不全竟，就下旨让陈奇瑜更兼这几个省的总督，以剿灭流匪。
其时河南湖广境内，有高闯王、罗汝才、张献忠等大小反贼几十股。见陈奇瑜来剿，张献忠率军南走，罗汝才和高闯王等几股反贼聚众和官兵恶战了几场，却均以失败收场。盖因祖宽铁骑难挡，其他赵率极和左良玉等众将也一个个厉害至极。几次设伏，也都被祖宽闯出。到了后来，这些贼众一见祖宽等官兵的旗号就跑，弄得高闯王等无法，只好率军各地流窜。
陈奇瑜指挥众将，分路围剿。高闯王和罗汝才眼见身边贼众日少，被逼得急了，想出一法，用巨金贿赂陈奇瑜左右，要求投降。陈奇瑜挡不住左右进言，答应他们投降，就令官兵不再进攻他们，一面令他们回原籍听从朝廷安置。高闯王和罗汝才等趁机驱兵直取凤阳。陈奇瑜见此大为惊慌，一面传令安徽各地守军不让流寇入境，一面令赵率极率军急追，不惜一切拦住贼众。又令左良玉在后急追。那些安徽驻军在城破后才接到传檄，还有何用？