在改革方案还未向大众公布之前，联军已经将所有士兵的档案整合到了一起，重新制定了规范性的标准，各个文明的军衔和职位等级进行了重新换算，士兵的待遇不得不全部提升，来保证没有人对其表示异议，不再出现差异化的问题，其后，提升后的支出是平均分配给各个文明，还是按照士兵数量摊派也很让人头疼，
在一些基础工作完成之后，改革开始自上而下，从后方到前方启动。
之前联军中各个文明的军队是向各自所属文明的军部负责，联军指挥部只是一个协调制定战略的部门，权力很小，现在则需要集中权力，对所有事务进行统一管理，指挥部的重要性瞬间提升，内部人员的安置和权力的划分成为关键性的问题，同时还要避免这个机构拥兵自重，威胁到共同体的和平，所以人员的任命和权力的制衡问题耗费了改革人员的大量心神。